《黑狼行动之迷你侠》主要围绕主人公阿强(张强饰)的励志故事展开。据说阿强出生时，小山村上空电闪雷鸣，这赋予了阿强能放电的超能力，也因此阿强的身高永远维持在不足一米的高度。八岁的阿强在艺校里结缘阿娟(欧宇宁饰)，两人相依练舞不离不弃。然而美好的时光总是短暂的，这对青梅竹马也在阿强进城发展后分别。
不料阿强所在的剧组惨遭黑狼(时晓飞饰)设计破产，阿强开始了颠沛流离的生活，而就在一次逃命中，阿强被伪装成道具师的特警教官三哥(张琼饰)搭救并收留。另一边，长大后的阿娟成了一名警察，奉命潜入黑狼身边寻找犯罪证据和病毒芯片。阿强和阿娟在黑狼投资的电影的片场相遇，阴差阳错之下，储存着制作变异病毒方程式的芯片落在了不知情的阿强的口袋里……阿娟和三哥的身份被黑狼识破，黑狼绑架了阿娟逼三哥交出病毒芯片，医学博士已成功研发出初代病毒，重重危机令三人陷入绝境……